日本のアニメーション映画である。 機械人間との戦が終わり、一年。 銀河鉄道999号は、メーテルを乗せて地球に向かっていた。 その頃、危険分子とされた鉄郎は、捕らえられ監禁されていた。 脱走を試みた彼は、総督ボルカザンダⅢ世によって処刑されようとし…